Alessandro Margara è magistrato dal 1958.
Ha svolto varie funzioni sia nel ramo penale che in quello civile e, in particolare, quello di giudice istruttore penale presso il Tribunale di Ravenna (1961/65), poi presso quello di Firenze (1965/76). In entrambe le sedi ha svolto anche la funzione di giudice di sorveglianza, che era impegnato nella attività di sorveglianza sulla esecuzione delle pene, funzione prevista dall’art.144 del Codice penale, abrogato con la entrata in vigore del Nuovo Ordinamento penitenziario, di cui alla L. 26/7/1975, n 354.
All’entrata in vigore di tale legge, erano istituiti i nuovi Uffici di sorveglianza sull’esecuzione delle pene, articolati in: magistrato di sorveglianza, giudice monocratico, e sezione di sorveglianza, giudice collegiale, che univano alle competenze del precedente ufficio del giudice di sorveglianza le specifiche competenze in materia penitenziaria previste dal Nuovo Ordinamento penitenziario, particolarmente quelle relative ai benefici penitenziari.
Dal giugno 1976 al settembre 1980, Alessandro Margara era presidente della sezione di sorveglianza e magistrato di sorveglianza di Bologna. Dal settembre 1980 fino al settembre 1997 era presidente della sezione di sorveglianza, dal 1986 denominata tribunale di sorveglianza, e magistrato di sorveglianza a Firenze.
Nel settembre 1997, messo fuori del ruolo della Magistratura, era nominato direttore generale del Dipartimento della Amministrazione penitenziaria. Cessava da tale incarico, per non conferma da parte del Ministro della Giustizia, col 1/4/1999. Riammesso nel ruolo della Magistratura era assegnato, a sua domanda, al Tribunale e Ufficio di sorveglianza di Firenze, con le funzioni di magistrato di sorveglianza.
Nel periodo precedente l’entrata in vigore del nuovo Ordinamento Penitenziario, partecipava a vario titolo alle attività che prepararono l’approvazione e della legge: ricordo la collaborazione alla rivista "Quale giustizia", pubblicata da Magistratura democratica, la partecipazione al convegno sulle Misure di sicurezza che si tenne a Pisa, nel 1972, e ad atre iniziative, tra cui quelle concernenti gli ospedali psichiatrici giudiziari avviate dalla Direzione generale degli istituti di prevenzione e pena. Dopo la approvazione della legge di riforma, furono numerose sia le partecipazioni ad attività istituzionali, sia quelle di approfondimento in materia penitenziaria: fra le prime, la partecipazione alla Commissione mista fra Consiglio superiore Magistratura, Ministero della giustizia e magistrati di sorveglianza; fra le seconde la partecipazione a convegni e seminari: ricordo la partecipazione al convegno di Lecce nel dicembre 1970, sulle misure alternative; a quello di Firenze, del 1977, sui problemi di attuazione della Riforma penitenziaria; a quello di Arezzo, sulla nuova legislazione psichiatrica e in particolare sugli ospedali psichiatrici giudiziari; a quello di Parma, del 1980, sui rapporti fra Amministrazione penitenziaria ed Enti locali per un nuovo sistema di strutture penitenziarie; sono state numerose le partecipazioni ai seminari organizzati in materia dal Consiglio superiore della Magistratura. In questo periodo ha pubblicato un lavoro sulla funzione della Magistratura di sorveglianza, raccolto in una miscellanea di articoli sul Nuovo Ordinamento Penitenziario, coordinati da Vittorio Grevi; altro lavoro sul procedimento di sorveglianza era pubblicato nel Dizionario di diritto e procedura penale, curato da Giuliano Vassalli.
Attraverso la partecipazione alla commissione mista con CSM, Ministero grazia e giustizia e magistrati di sorveglianza, e vari interventi nei Seminari del CSM, Alessandro Margara ha partecipato ai lavori che hanno preparato la L. 10/10/1986, n. 663, c. d. Legge Gozzini. Dopo di questa sono proseguite le partecipazioni a commissioni su problemi penitenziari (ne veniva istituita una anche presso il Dipartimento Amministrazione penitenziaria, che aveva sostituito la Direzione generale istituti prevenzione e pena) e ai seminari del CSM.
Più recentemente ha partecipato, con propria relazione, ai lavori della Conferenza nazionale sulle tossicodipendenze di Palermo (1993) e alla preparazione di quella di Napoli (1997).
Alessandro Margara ha anche partecipato, in modo più intenso durante la fase in cui era direttore generale del Dip. Amm. Penitenziaria, alle attività preparatorie di altri testi di legge, giunti alla approvazione, o ancora in discussione: così, per la legge c. d. Simeone, nonché per quella relativa ai detenuti ammalati di AIDS, già approvate; così per i disegni di legge in fase di approvazione, relativi alle detenute madri, alla agevolazione per il lavoro di detenuti e di soggetti in misura alternativa ed altre ancora (recanti modifiche all’Ordinamento penitenziario). In particolare, ha coordinato un gruppo di lavoro presso la fondazione Giovanni Michelucci di Firenze, che ha messo punto un testo normativo di riforma degli ospedali psichiatrici giudiziari, presentato poi come progetto in Parlamento dalla Regione Toscana.
Nel periodo più recente ha pubblicato un articolo sulla situazione penitenziaria dalla Riforma in poi nella rivista "Il Ponte", n 7/9 del 1995 (Memoria di trenta anni di galera: un dibattito spento, un dibattito acceso) e un contributo nel volume Il vaso di Pandora: carcere e pena dopo le riforme (a pag. l55, col titolo Le parole, le cose e le pietose bugie).